בשנים האחרונות התפתח תחום לימודי האזרחות, ומלבד היותו מקצוע חובה, ניתן כיום לגשת לבחינת הבגרות באזרחות ברמה של 5 יחידות לימוד. הדבר מצריך הכשרת מורים לאזרחות גם בחינוך הדתי; אפרתה נענתה לאתגר, ופתחה חוג אקדמי ללימודי אזרחות, המכשיר מורות לתואר B.ED בתחום זה.
בין הנושאים הנלמדים בחוג: לאומיות, משטרים מדיניים, היחס בין יהדות לדמוקרטיה, יחסי דת ומדינה ועוד. בנוסף לקורסים, מקבלות הסטודנטיות העשרה "מהשטח", כגון ימי עיון בהשתתפות חוקרים ואישי ציבור; השתתפות בסיורים מודרכים במוסדות לאומיים וממלכתיים, כגון בית המשפט העליון והכנסת; וכן מפגשים שבועיים עם אישים המייצגים את החברה הישראלית לגווניה השונים.

מטרת החוג להעמיד דור חדש של מורות לאזרחות בבתי הספר, בישיבות התיכוניות ובאולפנות, תוך הדגשת המימד הערכי היהודי ברוח הציונות הדתית.

בחוג נבחנות התובנות שלנו ביחס למקומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית, והקורסים עוסקים בדילמות הקיימות בחברה הישראלית על גווניה השונים במישור התרבותי ובמישור האידיאולוגי. הלימודים בחוג משלבים חוויה ייחודית לצד רמה אקדמית גבוהה ומקצועית. כמו כן המקורות היהודיים נלמדים תוך חשיפת הנחות היסוד העולות מתוכם והמתייחסות לסוגיות חברתיות, תרבותיות ומשפטיות.